Природа

[amge]

использовала QCC Front-End Беседина. Здесь на форуме есть ссылка на инсталяшку.

Спасибо!

h - декартовы координаты точки, см. в конце общий список xyz точек после xyz атомов

Не похоже. Декартовы координаты точки - это r (проверил). А h - это что-то инвариантное к xyz-координатам, похоже на некий вектор, связанный с точкой. Вот и интересно, что он означает и можно ли из него извлечь пользу для себя.

[amge]

Сделал визуализацию критических точек из Природы через molden. Сначала нужно над аутпутом Природы прогнать pri2mol, сгенерируется xyz-файл, и его открывать molden'ом, там Label - atom+charge.
Если в природовском инпуте сказано print=+charges+density, то выглядит так:

Screenshot_2022-08-15_13-26-38.png

[idimicur]

Добрый день, коллеги!
Не мог бы кто-то привести актуальную инструкцию, как запустить Природу на компьютере с операционкой Windows 10? Знаю, что есть страница https://rad.chem.msu.ru/~laikov/p_w/, откуда ее можно скачать, но там ряд файлов (p1.exe, p1_190306.exe, p_190306.exe, xm.exe, cygwin1.dll) и решительно непонятно, что с этим делать. Раньше с Природой дела не имел, к сожалению. Спасите нуба, умоляю

[spa]

Копируете все файлы например в папку C:\pr\
Запуск C:\pr\p1.exe C:\pr\имя_исходного_файла C:\pr\имя_выходного_файла

[spa]

Кто знает что за программа xm.exe?

[Metalian]

Кто знает что за программа xm.exe?

Если правильно помню, то визуализатор. Но не уверен.

[Tasha]

Да, это визуализатор .out файлов для Linux

[leshii]

Всем добрый день! Кто-нибудь может подсказать, как теперь из .out "Природы" доставать информацию о молекулярных орбиталях (хотелось бы иметь в том числе и визуализацию)? Скрипт pri2mol, который раньше вроде как конвертировал все выходные данные в формат для Molden, почему-то, не работает, как будто бы в новых версиях "Природы" информация об орбиталях не начинается с mos>, или я чего-то не понимаю. Работаю через WSL. Спасибо большое.

[amge]

Priroda 23 (2023.06.22) (последняя)
Все работает как и раньше
В инпуте print=+vectors+molden в группе $control не забываете?

[leshii]

Да, забыл дописывать +molden) Спасибо большое!

[YuraM]

Здравствуйте, а в 23 версии Priroda появились какие-то новые возможности? Если я ничего не путаю, там возможно есть DFT функционал, учитывающий дисперсионные взаимодействия. Работает ли RI для него?

[amge]

Если я ничего не путаю, там возможно есть DFT функционал, учитывающий дисперсионные взаимодействия. Работает ли RI для него?

На сайте Лайкова одновременно с последней версией Природы появился инпут 2H6C6_n3.dfl6a.1a.in. Похоже, это оно. Можно проверить. Но судя по theory=riDFT, RI работает.

[Tasha]

Всем добрый день. С удивлением обнаружила, что программа от версии к версии выдает разные параметры для идентичного инпута, заметила на критических точках. Кто еще с чем-то подобных сталкивался?

[amge]

Есть такое. Где-то с год назад тоже заметил, что свежая Природа стала считать быстрее, но выдавать немного другую энергию. Т.е. опасно сравнивать близкие энергии, посчитанные в разных версиях. В пределах одной версии нормально.

Собственно, такая фигня и у орки, например, тоже. При переходе от 5-й к 6-й.

[spa]

Всем здравствуйте. Может кто-нибудь уточнить, что означает запись в выходном файле Природы в фигурных скобках, и как получаются величины Dimension of wavefunction basis 24 и Dimension of auxiliary basis 40. Я суммирую и ничего не сходится.


Kinetic energy corrections:
atomic number 8: N = 15
atomic number 1: N = 15

Basis set input: 'C:\p64\b2un.in'
1 8 O : 14 / 43 : { 3, 2, 1} / {12, 7, 2} log2(a) = -3.02, +16.55
2 1 H : 5 / 12 : { 2, 1} / { 6, 2} log2(a) = -3.51, +6.67
3 1 H : 5 / 12 : { 2, 1} / { 6, 2} log2(a) = -3.51, +6.67

Finite nucleus model (2):
atomic number 8: a = 5.863144e+08, c = 2.039675e+13
atomic number 1: a = 2.124824e+09, c = 1.758975e+13

Basis set input: 'C:\p64\b2un.in'
1 8 O : 30 / 43 : { 4, 3, 2, 1} / { 6, 5, 3, 1} log2(a) = -0.62, +8.40
2 1 H : 5 / 9 : { 2, 1} / { 3, 2} log2(a) = -1.52, +2.41
3 1 H : 5 / 9 : { 2, 1} / { 3, 2} log2(a) = -1.52, +2.41

+---------------------------------------
| Number of atoms 3
| Charge of molecule 0
| Spin multiplicity 1
| Number of alpha electrons 5
| Number of beta electrons 5
| Number of core electrons 1
| Theoretical Method RIDFT
| Approximation to E(xc) PBE1
| Dimension of wavefunction basis 24
| Dimension of auxiliary basis 40
| Hamiltonian: non-relativistic
+---------------------------------------

[amge]

O : 14 / 43 : { 3, 2, 1} / {12, 7, 2}
До контрактаций {12, 7, 2} это 12s7p2d, 12*1 + 7*3 + 2*5 = 43
После { 3, 2, 1} 3s2p1d, 3*1 + 2*3 +1*5 = 14

[spa]

Что можно предпринять если оптимизация геометрии завершается сигналом process 0 got signal 6
В выходном файле на последнем шаге оптимизации идет таблица INTERNAL COORDINATES и в конце too few.

[amge]

$optimize cartesian=1 $end